自1982年開始，九廣鐵路公司大幅擴展網絡，並在1984年接受政府的邀請，於新界西北興建及營運一個輕便鐵路系統。輕鐵自1988年9月投入服務，最初服務屯門及元朗的新市鎮，其後伸展服務至天水圍新市鎮。

公司在1990年代開展另一項為期十年的重大網絡擴展計劃。西鐵於1998開始興建，並於2003年12月完成，提供一條連接新界西北屯門及元朗與九龍市區南昌的集體運輸鐵路。隨著西鐵的建造，原九廣鐵路路綫改名為東鐵。

東鐵的三條延綫的計劃也於1998年開始。尖沙咀延綫於2004年10月啓用，令東鐵的服務由紅磡向南伸延至尖東。同年12月，馬鞍山鐵路投入服務，服務新界東北地區，經大圍站接駁東鐵。在2007年8月，東鐵的最後一條延綫 - 落馬洲支綫 - 亦正式啟用，為乘客提供第二條進入內地的跨境鐵路。

另外，公司在2002年獲批予九龍南綫的項目。九龍南綫全長3.8公里，將西鐵順勢由南昌站伸延至尖東站，中途設柯士甸站。九龍南綫建造工程由2006年8月展開，而在2009年8月16日開始為乘客提供服務。九龍南綫現在可以方便西鐵乘客於紅磡站轉乘東鐵。

公司全盤負責九龍南綫建造的融資，而香港鐵路有限公司（港鐵公司）則於兩鐵合併日起被委任為九龍南綫的項目管理人。根據服務經營權協議，九龍南綫現由港鐵公司營運。九龍南綫的項目亦包括由公司購買22部新輕鐵列車，以應付因九龍南綫通車後，預料新界西北輕鐵服務乘客需求的增長。這些新輕鐵列車現正逐步投入服務，並預計於2010年上半年全部運作。

經過一輪激烈競投，公司在2002年6月成功投得沙田至中環綫（沙中綫）的策劃、興建及營運權。在2019年沙中綫峻工後，鐵路乘客可經新過海隧道由香港島前往紅磡，無須轉車而直達羅湖或落馬洲。2007年12月兩鐵合併後，港鐵公司接手全權負責策劃及設計該項目。

現時的策劃中的沙中綫，估計會由政府負責籌措建造資金，工程會在2010年展開，並分階段於2015至2019年完成。政府曾表示沙中綫峻工後，會屬歸九鐵公司或由政府以象徵式收費出租予九鐵公司。而公司亦預計會將沙中綫納入判予港鐵公司的服務經營權，並收取服務經營權費用。

作為跨境及城際運輸服務的營辦商，公司負責廣深港高速鐵路香港段（高鐵香港段）的初期策劃工作。高鐵香港段於2019年竣工後，將會提供往返香港及國內城市的高速鐵路服務。項目長約26公里，建造成本由政府提供。作為九龍南綫項目的一部分，公司已展開高鐵香港段的鐵路保護工程，令高鐵列車可以從九龍南綫之下通過而抵達擬建的西九龍總站。兩鐵合併後，港鐵公司接手負責高鐵香港段的進一步規劃及設計工作。