历史

中英银公司随后开展了初期的测量工作，不过在集资建造铁路时则遇到相当困难。最后在1904年底决定，该铁路在香港范围内的路段，即尖沙咀至罗湖（英段），会由香港政府兴建；而其余路段，即罗湖至广州（华段），则由中英银公司兴建。

经过详细测量设定铁路最后走线后，香港政府工务局在1905年12月动工进行由大埔墟至粉岭段的土方工程。

受制于熟练劳工短缺、工人感染疟疾、脚气病及痢疾发病、以及在建造笔架山隧道时遇到土质问题等因素，兴建铁路时所面对的困难远超当初预计。1910年10月1日，单轨行走的九广铁路终于正式通车。

初期的九广铁路列车只可以行走英段铁路。至于通往广州的华段铁路工程则于一年后，即1911年10月5日才完工，而仅五天后爆发的辛亥革命，最终导致清朝末代皇帝于1912年退位。

战争结束后，交通迅速恢复，但1949年10月14日，解放军占领广州，直通车货运及客运服务从此再度中断。 当局随后加设罗湖站作为九广铁路英段的边境总站。此后，不论华段或英段的乘客或货物，均须于罗湖转驳，于另一段上的列车继续行程。直通车货运服务于1950年恢复，但往广州的直通车客运服务则于1979年重开。这段期间，单轨和合石支线通车（1950年），为当地的新坟场提供服务，后又设马料水站（1956年），而位于红磡的新九龙总站在1975年取代在尖沙咀的九龙总站。马场站则在1978年通车，以配合沙田马场开幕。

九广铁路于1910年开始营运时，列车以蒸汽机车牵引。运作经年后，该等列车日益残损，营运成本亦高昂。柴油电动列车于1955年首次引入，并证明营运上效果良好。至1962年，所有蒸汽列车均为柴油列车取代。

进入1970年代，香港与中国内地的贸易日益增加，而且香港政府计划于沙田、大埔、上水及粉岭兴建大型新市镇，预计会带来乘客需求的增长。铁路系统显然需要进行庞大发展，以应付未来服务需求。

1974年，一项为期10年的投资计划展开，项目包括：红磡至罗湖路段进行列车电气化及铺设双轨，建造第二条笔架山隧道、新车站与提升现有车站及其他设施。计划的首阶段于1982年5月6日开通，九龙至沙田之间的近郊路段及增建的九龙塘站开始投入服务。沙田与大埔墟之间的第二阶段则于1983年5月2日通车。大埔滘站及旧大埔墟站因此停用，后者为位于较南的新建大埔墟站所取代。1983年7月15日，至罗湖全线的列车电气化及铺设双轨亦告完成，柴油列车从此退出本地客运服务。1983年8月，大围临时站启用。

1982年前，九广铁路一直以政府部门的模式运作。直到1982年12月制定九广铁路公司条例，九广铁路公司（九铁公司）正式成立。公司由政府全资拥有，设有管理局，其成员由香港特别行政区行政长官委任，负责监管公司的运作。

东铁三条延线计划也于1998年开始。尖沙咀支线于2004年10月启用，令东铁的服务由红磡向南伸延至尖东。同年12月，马鞍山铁路启用，为新界东北地区提供服务，令乘客可经大围站接驳东铁。在2007年8月，东铁的最后一条延线 — 落马洲支线 — 亦投入服务，乘客可利用这第二条方便快捷的跨境铁路，经落马洲进入内地。

另外，公司在2002年获批予九龙南线的项目。九龙南线将西铁顺势由南昌站伸延至尖东站。项目亦包括一条连接尖东站至广东道购物区的行人隧道。九龙南线建造工程于2005年11月展开。

经过一轮激烈竞投，公司在2002年6月成功投得沙田至中环线（沙中线）的策划、兴建及营运权。亦在同月，政府首次提出九广铁路公司与地铁有限公司合并的建议，并于2007年12月达成两铁铁路网络合并营运。九铁公司将营运其铁路网络的服务经营权授予香港铁路有限公司（港铁公司）（即合并前的地铁有限公司），初步为期50年，而港铁公司须每年向九铁公司支付定额及非定额费用。九铁公司仍然拥有九铁网络及相关的铁路资产，而港铁公司须于服务经营权终止时归还这些资产，除非经营权获得延长。

在2007年12月两铁合并时，九铁公司委任港铁公司管理九龙南线这个兴建中的工程项目，而九铁公司仍然全盘负责项目融资，直至该项目完成为止。九龙南线在2009年开始为乘客提供服务，现为西铁线的一部分。

2007年12月两铁合并后，港铁公司接手负责进一步策划、设计及兴建沙中线。建造工程于2012年展开，预期大围至红磡段可于2018年竣工，而红磡至金钟段则于2020年完成。政府曾表示当项目完工，该铁路可能会拨归或出租予九铁公司，而公司亦预计会转而将沙中线纳入授予港铁公司的服务经营权，并每年收取适当的定额及非定额费用。

至2014年中，九铁公司拥有的铁路系统（由港铁公司营运）经已由原本只有35公里的单轨铁路系统，发展成为一个全长超过120公里的现代化重铁及轻铁综合网络，当中包括现时的东铁线、西铁线、马鞍山线、落马洲支线及新界西北的轻铁网络，与及接驳巴士的服务网络。城际直通车客运服务则覆盖香港至北京、上海等6个内地城市。这个九铁公司所拥有的铁路及巴士网络，每日的平均乘客量已超过240万人次。

为提供铁路网络发展所需的部份资金，九铁公司自1982年起亦从事物业发展。这些项目以合营企业的形式与私人发展商合作，于铁路站邻近的用地及上盖兴建住宅发展项目，通常均配备商业设施。九铁公司的第一个住宅发展项目即屯门海翠花园于1988年落成 。及至2007年，另外5个住宅发展项目及2项商业设施亦已完成，分别合共提供超过760,000及340,000平方米的住宅及商用楼面面积。 轻铁、东铁、马鞍山铁路及西铁沿线的十多幅物业发展用地，亦已进行规划及动工（ 西铁沿线的用地，是由九铁公司代政府发展）。九铁公司亦为八项商住物业提供物业管理服务。2007年12月的两铁合并，亦包括港铁公司从九铁公司购入当时提供物业管理服务的附属公司，与及所有发展中用地的物业发展权，但不包括西铁沿线用地。九铁公司仍然负责发展这些西铁沿线的用地，但港铁公司则成为发展代理人。

2006年4月，政府与地铁公司签订一份不具约束力的谅解备忘录，当中载明两铁拟议合并的架构及条款。

2007年6月，立法会通过《两铁合并条例草案》，并于7月通过合并后的公司的附例和规例。同年8月，公司管理局亦通过签署合并交易文件。其后于10月，地铁公司的独立股东在特别股东大会中通过两铁合并方案。

2007年12月2日，《两铁合并条例》正式生效。授权九铁公司授予香港铁路有限公司（港铁公司、即合并前的地铁公司）服务经营权，及扩大港铁公司专营权的适用范围，以营运九铁公司的运输服务。

两铁合并方案包括两个主要部分：第一部分是服务经营权协议，该协议授予港铁公司使用九铁公司铁路资产的权利，使能在由2007年12月2日起开始的50年期（可延长）内，经营九铁现有的铁路线与及其他与运输有关的业务，例如在西北铁路服务范围内经营的巴士服务。当时正在施工的九铁新铁路线，亦会于完工时归港铁公司营运。港铁公司则每年须向九铁公司支付7.5亿港元的定额费用，以及在36个月之后，每年再根据九铁公司铁路资产所产生25亿港元以上的总收益，按递增的比率，另外支付非定额费用。

第二部分是买卖协议，订明港铁公司须于2007年12月2日以77.9亿港元收购多项九铁的物业及物业管理附属公司，另须支付42.5亿港元，作为取得服务经营权和收购九铁公司某些铁路资产（例如物料和备用品）的费用。

九铁及地铁公司铁路网络合并营运之后，九铁公司主要成为一间资产拥有公司，由管理局督导。管理局完全由香港特别行政区行政长官委任的高级公职人员组成。九铁公司负责监督港铁公司遵行服务经营权协议的条款。其他职能包括投资储备金、支付公司未偿还的债项及管理其附属公司，包括替政府发展西铁沿线物业用地的附属公司。

就西铁物业用地而言，九铁公司总裁为西铁物业发展有限公司（西铁公司）管理局主席。西铁公司的股东为政府及九铁公司，负责代表政府落实有关物业发展项目，而港铁公司为西铁公司的发展代理人。首个项目（屯门站）于2013年竣工。西铁公司目前仅余八乡维修中心的地皮尚在发展研究阶段。

自合并以来，九铁公司已将大部分日常行政及专业支援工作外判，现时只雇用少数员工。管理局由政府财经事务及库务局局长担任主席，而总裁则负责公司管理。

2018年8月，政府将营运广深港高速铁路（高铁）香港段的土地或就该等土地所享有的权益或其他权利归属公司，高铁香港段的动产亦转让予公司。九铁公司作为资产持有人，按《服务经营权补充协议》把营运高铁香港段的经营权授予港铁公司，为期十年。

2020年2月，政府将营运屯马线一期（即延伸原先马鞍山铁路由大围至启德段）的土地或就该等土地所享有的权益或其他权利归属公司，屯马线一期的动产亦转让予公司。九铁公司作为资产持有人，按《服务经营权补充协议》把营运屯马线一期的铁路段的经营权授予港铁公司。

2021年6月，政府将营运屯马线二期（即延伸原先马鞍山铁路由启德至红磡段）的土地或就该等土地所享有的权益或其他权利归属公司，屯马线二期的动产亦转让予公司。至此，原先的西铁与马鞍山铁路连接成为屯马线。九铁公司作为资产持有人，按《服务经营权补充协议》把营运屯马线一期及二期的铁路段的经营权授予港铁公司，并取代之前就屯马线一期的协议。

2022年5月，政府将东铁线过海段（由红磡至金钟）的土地或就该等土地所享有的权益或其他权利归属公司，东铁线过海段的的动产亦转让予公司。至此，整个沙田至中环线（沙中线）项目亦已完成。九铁公司作为资产持有人，按《服务经营权补充协议》把营运沙中线项目的铁路段（包括屯马线一期和二期的铁路段和东铁线过海段）的经营权授予港铁公司，为期十年，并取代之前就屯马线一期及二期的协议。